C’est en 1974 que débutèrent les toutes premières opérations de la compagnie, suite à l’acquisition d’un entrepôt près du Port de Québec. Après quelques agrandissements et acquisitions à Québec, c’est en 1997 que fut réalisé le premier achat d’un entrepôt dans la grande région de Montréal. En 2002 a eu lieu la construction de la première phase de l’entrepôt de Boucherville, qui donna lieu à une forte expansion de la compagnie. En 2004, Congebec a fait l’acquisition du Centre Frigorifique Montérégie, maintenant appelé l’entrepôt de Sainte-Julie, ainsi que l’achat de CFM Logistique, qui est à l’origine de la division transport de Congebec. Pour donner suite à ces acquisitions, Congebec est devenu le plus important entreposeur frigorifique au Québec et le troisième au Canada.

Au cours de l’année 2006, l’entrepôt de Boucherville fut agrandit, augmentant ainsi de manière  significative la capacité d’entreposage de la compagnie. Un septième entrepôt s’ajoutant au réseau à l’automne dans la ville de Manseau.; ce nouvel entrepôt est presque entièrement dédié à l’industrie de la canneberge, qui connait un essor très important depuis quelques années.

En 2011, Congebec s’est intégrée dans le marché de Toronto avec l’ouverture d’un 8e entrepôt frigorifique stratégiquement localisé près de l’aéroport Pearson, avec plus de 3 000 000 pieds cubes.

Début 2013, Congebec procède à sa plus importante expansion en acquérant les quatre entrepôts de Westco MultiTemp situés à Calgary, Saskatoon et à Winnipeg qui lui donnera un total de plus de 48 300 000 pieds cubes pour devenir une entreprise nationale. Congebec est aujourd’hui considérée le 12e entreposeur frigorifique parmi le plus important en Amérique du Nord et le 17e dans le monde.